У любого нормального SaaS — одна кодовая база. Все фичи, баги и костыли живут в одном репозитории (обычно Git). Несколько разработчиков — один репозиторий. Каждый клонирует его себе локально, пишет своё, тестит на своей копии — и пушит обратно.

Код разворачивается («деплоится») куда надо: локально, на тестовый сервер, на прод. На проде может крутиться сразу несколько копий одного и того же кода — для баланса нагрузки или чтобы не положить всё одним багом.

Главное — версия кода везде одна и та же, иначе начнётся ад: баги, которые есть «у меня», но нет «у него», и наоборот. Поэтому всё сводится обратно в основную ветку. Это и есть смысл SaaS: один код — много пользователей. Обновил — обновились все.